Der Ort wurde 1170 erstmals urkundlich erwähnt und genannt. Die ersten Siedler haben sich allerdings schon 695 n.Chr. hier niedergelassen. Dies waren sächsische Germanen, die im Rahmen der Völkerwanderungen aus dem Münsterland kamen und in der Soester Börde überall dort siedelten, wo jetzt die Dörfer mit der Endung "ingsen" sind. Mecchenhuson enthält den sächsischen Kurznamen "Macco" aus dem Vollnamen "Marquard" (Grenzbewohner). In einer Steuerliste von 1532 gab es in Meckingsen neben 9 anderen Steuerzahlern tatsächlich einen Johan Marquard, der dem Hof Markhoff (jetzt Bernecker) zugeordnet werden kann.

Bis 1955 gab es in Meckingsen 14 Bauernhöfe und 16 Kotten, auf denen Handwerker, Fabrikarbeiter, Eisenbahner usw. mit landwirtschaftlichem Nebenerwerb lebten. Danach wurden bis jetzt ('Stand März 2009) 69 Neubauten errichtet. Auch aus zwei alten Backhäusern entstanden Wohnhäuser. Von den alten Hofstellen gibt es noch 11, allerdings nur noch zwei mit mehr oder weniger landwirtschaftlichem Nebenerwerb. Die letzten Milchkühe wurden schon 1990 abgeschafft. Von den alten Kötter-Anwesen sind noch 15 im Dorf, letztlich wurde aus der alten Schule ein Zweifamilienhaus . Reine Neubaugebiete gab es bisher nicht,  die Neubauten wurden harmonisch in das Dorf eingegliedert.

Die Infrastruktur ist für das kleine Dorf entsprechend.  1928 wurde an der Ortsgrenze zu Katrop eine Schule für beide Dörfer gebaut. 1960 gab es eine neue Schule, aus der schon 1967 eine Tagesstätte für behinderte Kinder wurde. Seit 1881 gibt es den Friedhof. Feuerwehrhäuser wurde 1900 und 1997 gebaut. Einen kleinen "Tante Emma"-Laden gab es von 1950 - 1976. In einer Gaststätte, die 1950 aus einer Schusterstube entstand, wurde das letzte Bier 1983 gezapft. Neben der Schusterstube gehören auch andere kleine Handwerksbetriebe der Vergangenheit an. Kleine Poststlellen gab es von 1928 - 1971. 1973 wurde eine Kläranlage in Betrieb genommen. An deren Stelle wurde 1998 eine Pumpstation gebaut. In Eigenleistung wurden 1977 der Sportplatz der SGM und 1989 ein Spielplatz gebaut.

Als kleine Gewerbebetriebe gibt es noch die Schlosserei Knop (www.knop-gartentechnik.de), das landwirtschaftliche Lohnunternehmen Esken und den Kaminofenhandel Demski (www.ofenhaus-soest.de). Bekannt wurde Meckingsen durch die Rinderbesamungsstation, jetzt Rinderunion West, auf dem ehemaligen Hof Jaspert.